공공사업의 시행으로 인한 신고어업자는 손실보상청구권을 갖는다.

공공필요에 의한 재산권의 수용·사용 또는 제한 및 그에 관한 보상은 법률로써 하되 정당한 보상을 지급하여야 한다는 헌법 제23조 제3항, 면허어업권자 내지는 입어자에 관한 손실보상을 규정한 구 공유수면매립법(1999.2.8. 법률 제5911호로 전문 개정되기 전의 것)제16조, 공공사업을 위한 토지 등의 취득 또는 사용으로 인하여 토지 등의 소유자가 입은 손실은 사업시행자가 이를 보상하여야 한다는 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제3조 제1항, 일정한 사유로 인하여 면허·허가 또는 신고한 어업에 대한 처분을 받았거나 어업면허의 유효기간 연장이 허가되지 아니함으로써 손실을 입은 자는 그 처분을 행한 행정관청에 대하여 보상을 청구할 수 있다는 수산업법 제81조 제1항 제1호 등 규정의 취지를 종합하여 보면, 적법한 절차에 의하여 신고를 하고 신고어업에 종사하던 중 공유수면매립사업의 시행으로 피해를 입게 되는 어민들이 있는 경우 그 공유수면매립사업의 시행자로서는 수산업법의 위 규정 및 신고어업자의 손실보상액 산정에 관한 수산업법시행령 제62조의 규정을 유추 적용하여 손실보상을 하여 줄 의무가 있다. (대법원 2002.01.22. 선고 2000다2511 판결)